盐源梅花草的外形和窄瓣梅花草 P. angustipetala Ku 极相近，唯本种花瓣淡黄色，倒卵长圆形，无明显紫色斑点，萼片常呈椭圆形。后者花瓣绿色，匙形或卵状披针形，密被紫褐色斑点，萼片长圆形或卵状披针形，两者易于区别。又本种和玉龙山梅花草 P. yulongshanensis Ku 相近似，唯本种花瓣淡黄色，退化雄蕊顶端圆，而后者花瓣绿色，退化雄蕊，顶端平或微凹，两者也易于区别。
盐源梅花草的外形和窄瓣梅花草 P. angustipetala Ku 极相近，唯本种花瓣淡黄色，倒卵长圆形，无明显紫色斑点，萼片常呈椭圆形。后者花瓣绿色，匙形或卵状披针形，密被紫褐色斑点，萼片长圆形或卵状披针形，两者易于区别。又本种和玉龙山梅花草 P. yulongshanensis Ku 相近似，唯本种花瓣淡黄色，退化雄蕊顶端圆，而后者花瓣绿色，退化雄蕊，顶端平或微凹，两者也易于区别。